科学

2021/09/20

1,081羽のムクドリの群れ

昨日の夕方に見たムクドリの群れの数を数えてみました.やり方は 20 日ほど前に紹介した Adobe Photoshop を使う方法です.パラメータの調整のコツがわかって来たので,操作は短時間で済みます.

画像を 16 bit に変換し,ヒストグラムを見ながら調整レイヤーのレベル補正とトーンカーブでコントラストを調整します.鳥影のシルエットができるだけ一様に,周囲より十分に暗くなるようにするのがコツです.それから自動選択ツールを使って,許容値を試行錯誤しながら,同じ暗度のピクセルの塊が選択されるように調整します.

Fallaroundhome_sep2021_0111m

鳥影が選択されたら,画像を拡大して選択範囲が正しく鳥影を囲んでいるか,画像の隅々までチェックします.細かな明暗のノイズが選択されている場合もあるので,このチェックは必須です.

Fallaroundhome_sep2021_0111m2

それが終わったら解析ツールで選択範囲の数を数えます.こうやって数えた鳥影の数は 1,081 羽でした.ただし,鳥影が重なって 2 羽を 1 羽とカウントしているものがあるので,実際にはこの数の 5 % 増しくらいが妥当なところだと思います.

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2021/09/06

Refsort/Ruby v3.62 released

辞書参照型ソーティング・フィルタ Refsort/Ruby (新しいほうから *1 *2 *3 *4 *5)の改訂版 v3.62 をリリースしました.今回の改訂の目玉は,v3.60 で新設したオプション "-y, --didyoumean" の拡張版 "-Y, --fullsearch" を追加導入したことです.

入力のキーに指定した文字列が辞書ファイルに見つからないとき,よく似た候補を探して提示するのが "-y, --didyoumean" の機能ですが,これには大量の文字列の比較照合が必要となるため,どうしても実行速度が低下してしまうのが欠点です.そのため "-y, --didyoumean" では,最初の 1 文字が一致する候補だけを探索するという制限を設けることで,実行速度の低下を最小限に抑えています.これでも実用になるのは,どんなにタイプミスや思い違いをしたとしても,最初の 1 文字くらいは正しく入力されているだろうと期待できる場合が多いからです.

しかしこの方法では最初の 1 文字が異なる候補は探索範囲から外れてしまうので,探索は完全ではありません.そこで,実行速度は遅くなってもよいから,辞書ファイルのすべてのレコードを探索して類似度の高い候補をすべてピックアップするというオプション "-Y, --fullsearch" を新設しました.

さらに,文字列の類似度の指標である Damerau-Levenshtein 距離を計算するアルゴリズムを改良して,v3.60 よりも 2--3 倍程度高速に探索できるようになりました.そのおかげで,"-y, --didyoumean" はもちろんのこと "-Y, --fullsearch" を用いた場合でも,待たされてイライラすることは少なくなったと思います.さらにこの改訂版ではスクリプトの冗長な部分を徹底的に取り除き,スクリプトのサイズを v3.61 と比較して 13% 程度縮小することに成功しました.肥大化の傾向にある程度歯止めをかけることができたと思っています.

"-Y, --fullsearch" の使い方は "-y, --didyoumean" と全く同じです.当然この二つを同時に指定することはできません.どちらか片方のみ指定することができます.

以下にスクリーンショットを示しました.Refsort/Ruby v3.61 を用いた最初の実行では,「オオサギ」という誤った入力に対して何も正解候補が提示されませんが,v3.62 とオプション "-Y" を用いた2回目の実行では「アオサギ」という正解候補が提示されています.

Refsort_v362_demo

また,新しいオプションの追加に対応して Refsort on Excel も v2.40 にアップデートしました.改訂内容は,新オプションに対応したチェックボックスの新設のみです.下にスクリーンショットを示します.Sorting options という枠の中の "full search" と書かれたチェックボックスがそれです.このチェックボックスは "did you mean?" にチェックを入れると有効化されるので,そこでさらにチェックを入れて使うようになっています.

Refsort/Ruby とそれに関するコンテンツのアーカイブを Microsoft One Drive に置いています.画面右側コラムの “Archive” の中の “Refsort/Ruby Archive” をクリックしていただくと,私の OneDrive 上に設けたライブラリが開きますので,そこから過去分も含めてファイルをダウンロードすることができます.Refsort 本体の “refsort.rb” は “refsort_v362.rb” というファイル名でアップロードされていますので,ダウンロード後に適宜 “refsort.rb” に変更するとよいでしょう.改行コードも CR/LF になっていますので,適宜変更してお使いください.

Refsort on Excel v2.40 や日本鳥類目録 v7 に準拠した辞書ファイル,IOC List v11.2 に準拠した辞書ファイル,最新版に準拠したユーザーズガイドやプレゼンテーション用のスライドもこのアーカイブに収録されていますので,どうかご利用ください.


このソフトウェアは,一つの完結したアプリケーションというよりは,grep や sort のような「縁の下の力持ち」的なツールとして使われることを想定しています.しかし,各用途に特化した辞書ファイルという補助役が必要で,それらを含めた全体が一つの生態系として発展していくことが望ましいソフトウェアでもあります.新しい応用先を探索中ですので,何かアイデアがあればぜひお聞かせください.

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2021/08/30

鳥影の自動計数(続き)

昨日ポストした記事の自己コメントに書きましたが,どうも昨日の方法では誤差が大きすぎる,もっと良い処理手続きはないものかと試行錯誤を楽しんでいます.

まず,テスト画像として百羽程度の鳥影を含む小さな領域を切り出しました.そして Photoshop のカウントツールを使って,鳥影の一つ一つに手動で番号をつけていきます.このとき 2 羽のシルエットが重なっていても,人間はそれを 2 羽と認識できるので,異なる番号を振っておきます.結果,合計 87 羽が写っていることがわかりました.

次からがいろいろな試行錯誤です.正解はわかっているので誤差がすぐに分かるところがミソです.

まず鳥影は黒いので,Photoshop のレベル補正とトーンカーブを使って,できるだけ鳥影と背景のコントラストが明確になるように調整します.

次に,自動選択ツールで鳥影を選択します.このときの許容値は試行錯誤で調整します.前処理でコントラストがうまく調整できていれば,許容値を小さくすることで背景ノイズの影響を受けにくくできる可能性が高くなります.またたくさんの鳥影を一度に自動選択したいので,隣接ピクセルのオプションは外します.一方,アンチエイリアスはかけておきます.

そうしてできた選択範囲を目視でチェックすると,この画像の場合は, 2 羽が重なっているシルエットが一つの選択範囲になっている箇所が一つ.逆に,1 羽のシルエットが 2 つに分裂して 2 個の選択範囲が作られている箇所が一つあることがわかりました.これらは互いに逆方向の誤差となります.

Bird_counting_20210830_1

この状態で Photoshop にカウントさせると,上記の誤差がちょうど相殺して 87 羽という数が得られたので,まずまず合格です.

テスト画像でうまくいったので,もっと大きな画像で試行中です.昨日の記事で 2,485 羽,その後のコメントで 1,411 羽と報告した画像は,現在のところ 1,530 羽という値が得られています.ただし,選択範囲を子細にチェックすると,上に述べたように 2 羽のシルエットを 1 羽と数えているものが相当数あるので,実際にはこれの 10% 増しくらいが妥当ではないかと思います.

ノイズなどの影響は最小限に抑えられたので,重なり合うシルエットによる過小評価分をどう補正するかという問題になったと思います.しかしこれは画像ごとに異なるので,なかなか一筋縄にはいかないでしょう.

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2021/08/29

ムクドリの数を自動的に数える

昨日の記事でムクドリのねぐら入りの写真を紹介しましたが,一体この写真には何羽のムクドリが写っているのでしょう?生物の数を数えるのは野外調査の重要な一分野ですが,この程度の大きさの群れだと,カウンターを片手に数えていくのは現実的ではありません.

ベテランの調査員だと鳥影を見た瞬間にこの範囲で百羽だと瞬時にわかるそうです.そして群れ全体を百羽のブロックに分けて考え,そのブロックがいくつあるのかで全体の数を推測しているそうです.それで何千羽,何万羽と推測できるそうですから大したものです.

そのようなスキルがない私にも,写真があれば何とかなるのではないかと考えました.しかしパソコンの画面で写真を拡大して一羽ずつ数え始めてみたものの,たちどころに断念.100 羽程度だったらなんとかなるのですが,1,000 羽を超えるような数を数えるのは無理です.

さらに考えて,ひょっとして画像計測ツールを使えばよいのではないか?と思いつきました.Adobe Photoshop には選択範囲の個数や面積を計測するツールがあるのです.これを使えばよいのではないか?顕微鏡写真の画像処理ではよく使われる手法です.

やってみると,選択範囲の作り方が一筋縄ではいきません.鳥影は黒いので黒い部分を自動選択してみたのですが,パラメータの調整が難しく,背景のノイズも選択されてしまいます.試行錯誤するうちにたどり着いたのは,まず明るい背景を選択すること.この場合もパラメータを細かく調整する必要があります.そして選択範囲を反転させると「ほぼ」鳥影だけが選択できます.「ほぼ」と書いたのは,やはり雲の一部や背景の暗いノイズも選択されることがあるので,そういう部分は手で消していきます.

Bird_counting_20210828

次に画面全体をくまなくチェックします.上の画像で白い破線で囲まれているのが一つ一つの選択範囲です.2 羽の鳥影が重なって一つの選択範囲として選ばれる場合があるのですが,これは全体から見ると数が少ないので無視することにします.1 羽の鳥影が 2 つ以上の選択範囲に分割されることはほとんどないように,最初に戻ってパラメータの調整をやり直します.これを繰り返して選択範囲が満足できるようになったら,ついに計測です.これは簡単で解析のメニューからカウントを選ぶだけです.

こうして昨日アップした 2 枚目に写っているムクドリの数を数えてみると,2,485 羽でした.私が感覚的に想像していた数よりもずっと多い.しかも上に書いたようにこれは正確な数の下限値で,実際にはもう数パーセントは多いはずです.

すると,昨日ねぐら入りを果たしたムクドリの総数は 1 万羽を超えていた可能性があります.ふーむ,なかなか面白いですね.

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2021/08/11

Covid-19ワクチン接種2回目

昨日,Covid-19 ワクチン 2 回目の接種を受けてきました.ワクチンは前回の接種時と同じ Pfizer-BioNTech 製のいわゆる m-RNA ワクチンです.

Covid19__20210810

今回は注射針の入った箇所が悪かったのか,注射時も自宅に戻ってからも注射そのものの痛みが強く,あまり後味がよくありません.午前中に接種したのですが,午後遅くなってから前回と同じく筋肉痛がしてきました.また夜遅くなって首の周りにだるい感じがしてきました.就寝後,未明に目が覚めると発熱しているのがわかり,熱を測ったら 37.2 度でした.体温は今朝になってさらに上昇し 37.8 度になっていましたので,アセトアミノフェンを飲みました.まあ午後には少し和らぐと期待しましょう.

これで感染リスクは大幅に減るはずなのですが,デルタ株やラムダ株に対しての有効性はやや落ちるそうなので,感染しても文句は言えません.ただし感染した場合の重症化リスクはそれなりに小さいはずです.有効性を高めるために 3 回目の接種が検討されているようですが,どうなんでしょうね?再び千日回峰行のように連日予約サイトにアクセスしなければならないようでは,だいぶやる気が削がれます.3 回分の接種済み証が揃ったら満願成就で,それを市役所に持って行くと豪華景品がもらえる,とでも言うのなら話は別なのですが.

むしろ,晩秋にインフルエンザ肺炎球菌のワクチンを打ったほうが良いのでは?とも思いますが,これは単なる素人の思い付きです.

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2021/08/10

目覚めたら眼前に巨大な虹

台風くずれの温帯低気圧が日本海に入って発達したため,関東から東海にかけてはお約束の強風.愛知県の豊川では突風で建物の外壁が損壊したようです.お稲荷さんは大丈夫だったのかな?

当地でも昨日は朝から夜通しで強風が吹き荒れ,特に南側斜面の縁に立つ我が家では,常時風速 10 数 m の風が吹きすさぶものですから,うるさくてよく眠れませんでした.

そう思いながら朝起きてカーテンを開けてみると,なんと目の前に明るく巨大なが輝いているではありませんか.これで一気に眠気が吹き飛びました.

Summeraroundhome_aug2021_0015m

虹に何色あるのかは,民族,言語,文化,時代によって異なります.連続して分布しているものをいくつのカテゴリーに分けるかという,クラスタリングの問題に帰着できるので,そもそも唯一絶対の正解はないのです.日本ではかつては 5 色だったようです.中には 2 色という文化もあるそうです.日本では現在は 6 色と数えるのが標準らしく,高校の物理の教科書にはそう書いてあるそうです.

朝方に虹が見られることは珍しく,今日は何かいいことがあるのではないか?と思いましたが,よく考えてみたら今日は Covid-19 ワクチンの 2 回目の接種日でした.1 回目の接種のときの記事はこちら.7月中に 65 歳以上の接種を完了させるって,誰か言っていましたっけ?ろくに予約も取れない体制を作っておいて,よくそんなウソを言えるものです.

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2021/08/07

積乱雲が作った反薄明光線

昨日の夕方もツバメのねぐら入りを見に行ったのですが,観察する場所が良くなかったのか,ツバメの群れが遠くにしか,しかも薄暮の中の順光でしか見えず,ちょっと残念な思いをしました.

Summeraroundhome_aug2021_0008m

ツバメが集まってくる間に見えたのが夕陽に覆いかぶさるように発達した積乱雲.そして東の空に伸びる反薄明光線

Summeraroundhome_aug2021_0012m

夕陽周辺の雲の凸凹が少ないので光条の数は少なかったのですが,今の時期は見やすい条件がそろっているので,さほど珍しいものではありません.だいぶ前に撮影した典型的な写真はこちら

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2021/07/25

Refsort/Ruby v3.61 released

辞書参照型ソーティング・フィルタ Refsort/Ruby (新しいほうから *1 *2 *3 *4 *5)の改訂版 v3.61 をリリースしました.今回の改訂では新オプションの導入はありませんが,Locale と異なる辞書ファイルと入力ファイルを用いた場合の警告メッセージを,できる限り Locale のエンコーディングに変換して表示するようにしたことが最大の変化です.これによって変則的な使用法における使い勝手が改善されるはずです.

これまでは,例えば Windows 日本語版のコマンドコンソールで,UTF-8 でエンコードされた辞書ファイルと入力ファイルを使って並べ替えを行ったとき,辞書ファイルと照合できない入力レコードがあると,それを UTF-8 のエンコーディングのままコンソールに表示して警告していました.しかしこれは文字化けしてしまい,どういう問題があったのか把握できません.

今回の改訂では,警告文のエンコーディングを Locale に従って Winodws-31J に変換して表示するので,警告内容が把握しやすくなります.ただしこの変換は完璧ではなく,UTF-8 から Windows-31J に変換できない文字,例えばウムラウトやアクセントが付いた欧文文字は ? と表示されます.

以下にスクリーンショットを示しました.Refsort/Ruby v3.60 を用いた最初の実行では,警告文が文字化けしてしまっています.しかし v3.61 を用いた2回目の実行では,警告文が正しく変換されて表示されていることがわかると思います.

Refsort_v361_demo

なお,並べ替え結果はいずれの場合も可読な形で表示されていますが,これが Windows のコンソールの機能なのか,Ruby の標準出力の機能なのかは調査不足です.Linux のターミナルでは Locale が異なれば並べ替え結果も文字化けします.

この改訂以外では,いつの間にか混入していたマイナーなバグを取り除いています.

Refsort/Ruby とそれに関するコンテンツのアーカイブを Microsoft One Drive に置いています.画面右側コラムの “Archive” の中の “Refsort/Ruby Archive” をクリックしていただくと,私の OneDrive 上に設けたライブラリが開きますので,そこから過去分も含めてファイルをダウンロードすることができます.Refsort 本体の “refsort.rb” は “refsort_v361.rb” というファイル名でアップロードされていますので,ダウンロード後に適宜 “refsort.rb” に変更するとよいでしょう.改行コードも CR/LF になっていますので,適宜変更してお使いください.

Refsort on Excel v2.30 や日本鳥類目録 v7 に準拠した辞書ファイル,IOC List v11.2 に準拠した辞書ファイル,最新版に準拠したユーザーズガイドやプレゼンテーション用のスライドもこのアーカイブに収録されていますので,どうかご利用ください.


このソフトウェアは,一つの完結したアプリケーションというよりは,grep や sort のような「縁の下の力持ち」的なツールとして使われることを想定しています.しかし,各用途に特化した辞書ファイルという補助役が必要で,それらを含めた全体が一つの生態系として発展していくことが望ましいソフトウェアでもあります.新しい応用先を探索中ですので,何かアイデアがあればぜひお聞かせください.

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2021/07/22

IOC List v11.2 の反復名

IOC List v11.2 がリリースされましたので,例によって反復名 tautonym を調べてみました. 今年 v11.1 が出たときにも調べたので,その続編です.

生物分類学で反復名とは,属名と種小名が同一の綴りである種(つまりその属の模式種)の名前のことです.さらに基亜種も定義されていれば,それは種小名と同一なので,結局3つの同一のラテン語が並んでいる亜種名が存在することになります.

以下の表は,反復名の種と,亜種名まで含めて反復している亜種を網羅したリストです.今回の IOC LIst v11.2 では反復名は 97 種,うち亜種名まで反復しているものが 53 亜種あることがわかります.前回 v11.1 の結果との差分は,Urile urile, チシマウガラスと,Pyrope pyrope, アカメタイランチョウが増えたことです.後者は亜種名も反復しています.

チシマウガラスについては,Urile 属が復活して Phalacrocorax 属から異動したことによるもの,アカメタイランチョウについても Pyrope 属が復活して Xolmis 属から異動したことによるものです.また tautonym とは関係ありませんが,リスト末尾の Diuca diuca, ジュウカチョウの英名が Common Diuca Finch から Diuca Finch に変更されています.

Tautonym で有名なものはカササギPica pica でしょうか?私はワシミミズクBubo bubo も鳴き声を連想させてとても良いと思いますし,タシギの Gallinago gallinago も大好きです.

以下に表を載せますが,v11.2 で科や属のシーケンス(並び順序)が変わり,前回の結果と見た目が少々変わっていますが,内容は上記の2種の増加以外,同一です.前回からの変更箇所にはアスタリスク * を付けました.

属名 種小名 亜種名 英名 和名
Casuarius casuarius   Southern Cassowary ヒクイドリ
Anser anser Greylag Goose ハイイロガン
Coscoroba coscoroba   Coscoroba Swan カモハクチョウ
Cygnus cygnus   Whooper Swan オオハクチョウ
Radjah radjah Raja Shelduck シロガシラツクシガモ
Tadorna tadorna   Common Shelduck ツクシガモ
Histrionicus histrionicus   Harlequin Duck シノリガモ
Pipile pipile   Trinidad Piping Guan トリニダードナキシャクケイ
Mitu mitu   Alagoas Curassow チャバラホウカンチョウ
Pauxi pauxi Helmeted Curassow カブトホウカンチョウ
Lerwa lerwa   Snow Partridge ユキシャコ
Lagopus lagopus Willow Ptarmigan カラフトライチョウ
Falcipennis falcipennis   Siberian Grouse カマバネライチョウ
Perdix perdix Grey Partridge ヨーロッパヤマウズラ
Crossoptilon crossoptilon White Eared Pheasant シロミミキジ
Gallus gallus Red Junglefowl セキショクヤケイ
Francolinus francolinus Black Francolin ムナグロシャコ
Coturnix coturnix Common Quail ヨーロッパウズラ
Apus apus Common Swift ヨーロッパアマツバメ
Coeligena coeligena Bronzy Inca ブロンズインカハチドリ
Ensifera ensifera   Sword-billed Hummingbird ヤリハシハチドリ
Pampa pampa   Wedge-tailed Sabrewing クサビオケンバネハチドリ
Tetrax tetrax   Little Bustard ヒメノガン
Guira guira   Guira Cuckoo アマゾンカッコウ
Crex crex   Corn Crake ウズラクイナ
Porzana porzana   Spotted Crake コモンクイナ
Porphyrio porphyrio   Western Swamphen セイケイ
Leucogeranus leucogeranus   Siberian Crane ソデグロヅル
Antigone antigone Sarus Crane オオヅル
Grus grus   Common Crane クロヅル
Poliocephalus poliocephalus   Hoary-headed Grebe シラガカイツブリ
Himantopus himantopus   Black-winged Stilt セイタカシギ
Vanellus vanellus   Northern Lapwing タゲリ
Jacana jacana Wattled Jacana ナンベイレンカク
Limosa limosa Black-tailed Godwit オグロシギ
Gallinago gallinago Common Snipe タシギ
Ichthyaetus ichthyaetus   Pallas's Gull オオズグロカモメ
Alle alle Little Auk ヒメウミスズメ
Puffinus puffinus Manx Shearwater マンクスミズナギドリ
Ciconia ciconia White Stork シュバシコウ
Sula sula Red-footed Booby アカアシカツオドリ
Anhinga anhinga Anhinga アメリカヘビウ
Urile urile   Red-faced Cormorant チシマウガラス*
Cochlearius cochlearius Boat-billed Heron ヒロハシサギ
Nycticorax nycticorax Black-crowned Night Heron ゴイサギ
Clanga clanga   Greater Spotted Eagle カラフトワシ
Milvus milvus Red Kite アカトビ
Buteo buteo Common Buzzard ヨーロッパノスリ
Bubo bubo Eurasian Eagle-Owl ワシミミズク
Colius colius White-backed Mousebird セジロネズミドリ
Todus todus   Jamaican Tody ジャマイカコビトドリ
Galbula galbula   Green-tailed Jacamar ミドリオキリハシ
Indicator indicator   Greater Honeyguide ノドグロミツオシエ
Pyrilia pyrilia   Saffron-headed Parrot アカメインコ
Mascarinus mascarinus   Mascarene Parrot マスカリンインコ
Suiriri suiriri Suiriri Flycatcher スイリリハエトリ
Pyrope pyrope Fire-eyed Diucon アカメタイランチョウ*
Tyrannus tyrannus   Eastern Kingbird オウサマタイランチョウ
Rupicola rupicola   Guianan Cock-of-the-rock イワドリ
Cotinga cotinga   Purple-breasted Cotinga ムネムラサキカザリドリ
Porphyrolaema porphyrolaema   Purple-throated Cotinga ハシブトカザリドリ
Manacus manacus White-bearded Manakin シロクロマイコドリ
Tchagra tchagra Southern Tchagra マユジロヤブモズ
Xenopirostris xenopirostris   Lafresnaye's Vanga クロアゴハシボソオオハシモズ
Oriolus oriolus   Eurasian Golden Oriole ニシコウライウグイス
Temnurus temnurus   Ratchet-tailed Treepie キリオオナガ
Pica pica Eurasian Magpie カササギ
Pyrrhocorax pyrrhocorax Red-billed Chough ベニハシガラス
Riparia riparia Sand Martin ショウドウツバメ
Incana incana   Socotra Warbler ソコトラムシクイ
Curruca curruca Lesser Whitethroat コノドジロムシクイ
Erythrogenys erythrogenys Rusty-cheeked Scimitar Babbler ホオアカマルハシ
Regulus regulus Goldcrest キクイタダキ
Troglodytes troglodytes Eurasian Wren ミソサザイ
Luscinia luscinia   Thrush Nightingale ヤブサヨナキドリ
Calliope calliope Siberian Rubythroat ノゴマ
Phoenicurus phoenicurus Common Redstart シロビタイジョウビタキ
Oenanthe oenanthe Northern Wheatear ハシグロヒタキ
Cinclus cinclus White-throated Dipper ムナジロカワガラス
Petronia petronia Rock Sparrow イワスズメ
Quelea quelea Red-billed Quelea コウヨウチョウ
Amandava amandava Red Avadavat ベニスズメ
Granatina granatina   Violet-eared Waxbill トキワスズメ
Coccothraustes coccothraustes Hawfinch シメ
Pyrrhula pyrrhula Eurasian Bullfinch ウソ
Chloris chloris European Greenfinch アオカワラヒワ
Carduelis carduelis European Goldfinch ゴシキヒワ
Serinus serinus   European Serin セリン
Spinus spinus   Eurasian Siskin マヒワ
Xanthocephalus xanthocephalus   Yellow-headed Blackbird キガシラムクドリモドキ
Icterus icterus Venezuelan Troupial ムクドリモドキ
Dives dives   Melodious Blackbird ウタムクドリモドキ
Curaeus curaeus Austral Blackbird ミナミムクドリモドキ
Cardinalis cardinalis Northern Cardinal ショウジョウコウカンチョウ
Cyanicterus cyanicterus   Blue-backed Tanager セアオフウキンチョウ
Melanodera melanodera White-bridled Finch ノドグロシトド
Diuca diuca Diuca Finch* ジュウカチョウ

日ごろ目にしている鳥の中にも多くの反復種が含まれていることがわかって面白いです.今気が付きましたが,キクイタダキRegulus ってしし座のアルファ星と同じ名前なのですね.もともとは王という意味.Rex よりもやや下位の「王子」や「小さな王」を意味したようです.キクイタダキの頭頂部の黄色を王冠に見立てたのでしょうか?

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2021/07/21

IOC List v11.2 released

IOC World Bird List v11.2 が2021年7月10日(ドラフト版解除は7月20日)にリリースされました.これは2021年2回目のリリースです.前回 v11.1 のリリースが2021年1月19日だったので,ちょうど6か月の更新間隔,新たな編集長 Pamela Rasmussen に代わってから3回目のリリースということになります.

今回収録されたのはが 44,が 252,が 2,372,が 11,072(うち絶滅種が 160),亜種が 19,889 です.

すでに先日の速報で大きな変化はお知らせ済みなのですが,とにかく今回は変化の量が大きく,種の分割による亜種の昇格だけでも 100 を越えているので,それらの確認と和名の追加に時間がかかりました.

速報の内容と重複しますが,最大のニュースは目が4つも新設されたことです.いずれも非常に小さな目であり,これら目の位置づけは流動的だと思われ,今後さらにアマツバメ・ヨタカ類の目や科の再編が行われるのではないかと思います.それにしても,意外と気軽に目を追加するのですね.誰がどう影響を受けるかよく考えた末なのかなぁ?

また今回は英名の変更が多かったのも特徴です.例えば英名に地名が含まれている場合,地名の形容詞形に残る多様性をつぶすのが IOC の思想です.今回は過去に使われていた Madagascan がすべて Madagascar に統一されています.ちなみに Malayan と Malaysian はいまだに混在しているので,近い将来どちらかに統一されるかもしれません.

一方,今回は種小名のラテン語の性による語尾変化の訂正はごくわずかでした.


速報の内容で日本のバーダーに関係する部分を少し詳しく補足します.

  1. シラコバトの一亜種であった Streptopelia decaocto xanthocycla, , "(Newman, TH, 1906)" が種に昇格して基亜種のみが残ったため,Streptopelia decaocto decaocto, , 亜種シラコバト, "(Frivaldszky, 1838)" が抹消されました.
  2. 速報に記載したように Treron permagnus, リュウキュウアオバトが種に昇格して種小名が変更され,同時に亜種 Treron formosae medioximus, , 亜種チュウダイズアカアオバト, "(Bangs, 1901)" も種小名が permagnus に変更されました.そのため和名を亜種チュウダイリュウキュウアオバトと変更するよう提案します.
  3. オオカラモズの一亜種 Lanius sphenocercus giganteus, , , "Przewalski, 1887" が種に昇格して基亜種のみが残ったため,Lanius sphenocercus sphenocercus, , 亜種オオカラモズ, "Cabanis, 1873" が抹消されました.
  4. 速報に記載したように Larvivora komadori namiyei, , 亜種ホントウアカヒゲ, "(Stejneger, 1887)" が種に昇格して基亜種のみが残ったため,Larvivora komadori komadori, , 亜種アカヒゲ, "(Temminck, 1835)" は抹消されました.
  5. 速報に記載したように Ficedula narcissina owstoni, , 亜種リュウキュウキビタキ, "(Bangs, 1901)" が種に昇格して基亜種のみが残ったため,Ficedula narcissina narcissina, , 亜種キビタキ, "(Temminck, 1836)" が抹消されました.

IOC 本家の Master List(学名と英名を収録した Excel ファイル)を編集して,Refsort/Ruby 用の辞書ファイル(拡張子が .ref のテキストファイル)を作りましたので,Microsoft One Drive 上に設けた “IOC List Archive„ にアップロードしました.

エンコーディングは UTF-8US-ASCII の2種類です.正版は UTF-8 版で US-ASCII 版は簡易版ですが,詳細についてはユーザーズガイドをご覧ください.


このオリジナル版の辞書ファイルと併せて,全ての掲載種に和名をつけた辞書ファイル 2 種と,IOC Master List の和名追加版(Excel ファイル)も同時にリリースしました.和名追加辞書についても,UTF-8 でエンコードしてあるものが正版ですが,Windows などでの使い勝手を考慮して Windows-31J でエンコードしたものも同時にアップしてあります.詳細についてはユーザーズガイドをご覧ください.

単に種名を調べるためだけであれば,和名追加版の Master List(Excel ファイル)が最も便利です.ただし長大なワークシートなので,目的の名前をスクロールして探すのは非効率です.検索メニューからジャンプするのが良いでしょう.


これらのファイルは前述のとおり,Microsoft One Drive 上に設けた IOC List 専用のフォルダからダウンロードできます.それには,このブログ右側のコラムの最上段の Archive の中の IOC List Archive をクリックしてください.そうすると One Drive のフォルダに入ることができますので,あとは適当に選んでダウンロードしてください.


I am pleased to announce that I have posted reference files for Refsort/Ruby compiled directly from the latest IOC World Bird List v11.2. It contains 44 orders, 252 families, 2372 genera, 11,072 species including 160 extinct ones, and 19,889 subspecies, respectively. Please try it out, and enjoy its capability and speed.

Note that the reference file "ioclist_v112u.ref" is encoded in UTF-8 in order to retain all European accents and umlauts with complete fidelity as they are in the IOC Master List. Therefore, your input file should be encoded in UTF-8 as well, and should contain a magic comment on the top of the file such as;

#!E -*- coding: UTF-8 -*-

For those who want to use Refsort/Ruby in universal ASCII environments, I have posted another reference file "ioclist_v112a.ref" encoded in pure US-ASCII. Note that characters with accents and umlauts have been simplified to their nearest neighbors. So please be careful in particular when you refer to authorities of species.

I have also posted two different reference files "ioclist_v112ju.ref" and "ioclist_v112jw.ref" (encoded in UTF-8 and Windows-31J, respectively) which include Japanese names for all species. If you want to have Japanese names, please refer to those files.

In order to sort a list properly using these reference files, you need to align the encoding of the input file to that of the reference file, and you should add a magic comment specifying the encoding in the first line of these files, such as UTF-8, US-ASCII or Windows-31J. You can skip this process if your iput file is encoded in the default encoding of your platform, e.g., US-ASCII or Windows-31J for Windows, UTF-8 for macOS or Linux.

A master list in Excel format containing a column for Japanese names has been posted as well. This would be most convenient for quick reference.

You can download an appropriate file from my area of Microsoft One Drive by clicking "IOC List Archive". Enjoy, and bon appétit.

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より以前の記事一覧