自然

2018/09/18

鳥類の分類目録が統一されるか?

やや旧聞に属しますが,この時点で情報を共有しておきたいと思います.

このブログでは,IOC が発行している World Bird Names という世界の鳥類の分類目録をもとに編集した Refsort/Ruby 用の辞書ファイルを配布しています.最新版は今年6月25日にリリースされた IOC List v8.2 をもとにして作成した辞書ファイルで,これをほぼ即日でアップロードすることができました.画面右側のカラムの “自作コンテンツ” から最新版を直接ダウンロードできますし,またその上部の “Archive” の中にある “IOC List Archive” をクリックして,One Drive のアーカイブから過去分を含めてダウンロードすることも可能です.

さて,世界にはこの IOC List 以外に, “The Clements Checklist of the Birds of the World„ , “The Howard & Moore Complete Checklist of the Birds of the World, 4th Edition” , “Handbook of the BIrds of the World Alive” という代表的な鳥類目録があります.私は IOC List 以外の目録については詳しくないのですが,それぞれ目録作りの考え方や内容が少しずつ異なっているそうです.それら目録の間の比較は鳥類分類のデータベースである Avibase に集約されています.わたしも辞書ファイルを編集するときにまず頼りにするのがこの Avibase ですが,目録間の相違は微妙だなぁといつも感じていました.

実は今年に入って間もないころアナウンスされていたのですが,8月にカナダのバンクーバーで開催された IOC 総会(4年に一度開催,前回は2014年,池袋の立教大学が会場でした)で,これら目録間の差異を議論し目録の統一を目指す円卓会議が開催されることになり,それが実際に8月22日に開催されたようです.

その結果,統一目録を作成しようという広範な合意がなされ,8月24日にそのための作業部会を設置することが IOC 理事会に提案された模様です.部会長候補は Les Christidis という人.この部会がどの程度の日程で統一目録を提案し,それが関係者間で合意されるのか,まだ何もわかりませんが,早ければ1年後には新しい統一目録が提案されているかもしれません.

期待されると同時に,これまでの分類体系に対する何らかの変更や,地域群や交雑群,分化途中の個体群のような新しい概念が持ち込まれるか否かなど,要注目です.

蛇足になりますが,日本鳥学会が発行している日本鳥類目録も,今後は何らかの整合性を取る必要が出てくるのではないかと思います.こちらも動向を注意して見守りたいと思います.

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2018/09/17

キクイモ

初秋の今頃,河原や耕作放棄地などで黄色い花をつけているのがキクイモ.クズに覆い隠されそうになっても,その高い背丈のおかげで花を突出させることができています.電車の車窓からこの花が一面に咲いているのを見ることもありますので,日本に定着した代表的な外来植物の一つであることは間違いありません.

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イモというからには,地下にデンプンを蓄えた塊茎か塊根があると思うのですが,自分で掘り出して確認したことはありません.

ところがWikipediaの記事によれば,キクイモの根茎にはデンプンは含まれておらず,多糖類のイヌリンを含む食物繊維が主成分であるとのことです.もちろん食用になり,飼料や果糖の原料にもされているそうです.

イヌリンは人間の消化器官そのものでは消化できず,大腸内の腸内細菌によってはじめて代謝され,かつ低カロリー.またカルシウムやマグネシウムの吸収を促進し,腸内細菌(特にビフィズス菌)の活動を増進させるとのことです.

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2018/09/16

クズの花咲くころ

今年の夏は猛暑が続いたものの,9月に入ると猛暑はおさまり,初秋らしい日々が続いています.初秋というのは気温は低めながらも秋雨前線がウロウロしているということなので,当然湿りがちで湿度が高い日が多いということになります.

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この時期は,夏の間に光合成でたっぷりと養分を蓄えた植物たちの実りの時期でもあります.我が家の周辺では,はびこり過ぎているクズが花をつける時期に当たります.クズは塊根にたっぷりとデンプンを蓄えているはずなのですが,地上では赤紫色の豪華な集合花を咲かせ,ブドウに似た香りを放って存在をアピールしています.

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今日,クズの根茎を掘り出してデンプンを取ることはなく,またクズの長く丈夫な地上茎を農作業用の紐として使うこともないため,クズは大いにはびこり日本全国を覆いつくそうとしているのですが,これを何とか抑制するような手段は無いものかと毎年夏になると思います.日本では古くからデンプン源や薬,繊維として活用され,人名に使われるほど親しまれてきた植物なのですから,名誉ある活用法を考え出せないものかとも思います.

アメリカ南部ではすでに完全に定着してはびこり,有害外来生物の烙印を押されているので,そのうちアメリカで何らかの薬剤か生物農薬が開発されるのではないかと予想しています.

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2018/09/11

Rersort/Ruby v2.94 Released

このところ Refsort/Ruby(リリース実績は新しいほうから *1 *2 *3 *4 *5 *6 *7 *8 *9 *10)のソースファイルを眺めているうちに,ムラムラと湧き上がるものがあって実装をいじっているうちに,辞書ファイルの重複したレコードやラベル,さらには入力の重複レコードを処理する部分を全面的に書き換えました.ただし仕様の変更は実質的に何もありません.

どういう内容かと言うと,まず辞書ファイルに重複したレコードがあると,同一のものが異なる複数の順位を持つことになるので,そもそもソーティングが原理的に成り立ちません.このため,辞書ファイルの読み込み時に重複したレコードを見つけると,従来は最初の重複ペアが見つかった時点でエラーメッセージを出して即座に処理を中止していました.しかし,これはあまり親切なやり方ではないので,辞書ファイルをすべて読み込んだうえで何々というレコードが何行目と何行目と何行目に重複して存在していると網羅的に報告し,それから処理を中止するようにしました.こうすれば辞書ファイルの作者は辞書の修正が容易です.

同様に,辞書ファイル中のラベル(つい最近までマイルストーンと呼んでいたもの)に重複が見つかった場合は,従来は五月雨式に重複ペアを報告しながら処理を続行していたのですが,こちらも辞書ファイルをすべて読み込んだ後で,重複しているラベルを網羅的に報告することにしました.なおラベルが重複しているとは,そのラベルの文字列(コメントを除く)とレベルがともに同一である場合です.またラベルが重複していてもソーティングに不都合はないため,処理はそのまま続行しますが,ソーティング結果には同一のラベルが異なる複数の箇所に現れることになりますので,本来は望ましくありません.辞書ファイルの修正が望ましいところです.

最後に入力の重複です.入力の重複自体には特に問題はなく,入力データとしては十分あり得る話ですし,ソーティング自体にも影響はありません.ユーザーが重複を検知するには -d オプションを使うことにしていますが,従来は重複したペアが見つかるたびに五月雨式に報告していました.しかしこれでは見にくいうえに全体像が分かりにくいので,これも入力をすべて読み終わった後で重複した入力を網羅的に報告し,処理を続行するように改めました.

これらの改訂を入れ込んだ新しい版 v2.94 を近日中にリリースします.またユーザーズガイドも書き直したものをアップロードすることにしました.ユーザーから見た場合には仕様上の変更は何もありませんが,警告文の出かたが見やすいものに変わるので,気づくことがあると思います.なおこの改訂によって処理速度はほとんど影響を受けないことを確認済みです.

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2018/08/18

ねぐら探しは空振り

昨日の夕方は夏恒例のツバメのねぐら探し.昨年夏,それまで毎年ねぐら入りを楽しめた湖畔のアシ原にツバメが集まらなくなったので,気を揉みながら再度挑戦しに行きました.

Kasumigaura_aug2018_0004m

例年のように,空の広い湖畔で夕暮れを楽しみ,暗くなるのを待ってツバメの様子を見守っていたのですが,今年も完全に空振り.どうやら昨年からねぐらを移動したようで,このアシ原は今はねぐらとして使われなくなったようです.

Kasumigaura_aug2018_0011m

それでも,サギ類,スズメなどはアシ原をねぐらとして利用し続けており,暗くなるころにはゴイサギの群れが出勤して行ったのですが,全体に鳥影が薄く,生き物の数が減ってきたように感じられるのが大変気になります.

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2018/06/26

IOC List v8.2 Released

IOC World Bird List v8.2 が2018年6月25日にリリースされました.これは昨年秋に改訂周期が6か月に変更されて2回目のリリースで,年内にはもうこれ以上のリリースはないはずです.前回 v8.1 のリリースが2018年1月25日だったので,今回は5か月の更新間隔となっており,予定よりも1か月ほど早くリリースされました.理由は不明ですが,7月に大きなイベントが予定されていて,それとの重複を避ける意図があるのかもしれません.

今回収録されたのはが 40,が 246,が 2,313,現生が 10,711,絶滅種が 158,亜種が 20,055 です.前回同様,上目 (Superorder) の PALEOGNATHAE(古顎類)NEOGNATHAE(新顎類)や,系統群であるNEOAVES がリストの最上位の階層にこっそりと載っています.

今回は日本のバーダーにとっての注目すべき変更がいくつもあります.

一つはカササギについてです.カササギの分類については今でも議論が続いているそうですが,今回 IOC は,従来 Pica pica の一亜種であった Pica pica serica を種に格上げして Pica serica とし,Oriental Magpie と名付けました.これはユーラシア大陸のカササギ類の mtDNA 分析が進んだことによるものらしく,これ以外にも Pica mauritanica,Pica asirensis,Pica bottanensis が亜種から種に格上げされています.

日本鳥学会の日本鳥類目録改訂第7版では Pica pica serica は「亜種カササギ」とされているのですが,IOC に則るともう亜種とは呼べなくなります.そこで従来カササギの別名とされてきた「コウライガラス」という和名を充てることにしました.日本中心に考えれば「カササギ」を Pica serica に与えて,Pica pica には新たに別の名前を与えても良かったのですが, “カササギ = Pica Pica” という関係は長らく親しまれてきたので,これを崩すのは忍びない,またカササギという和名には,必ずしも朝鮮半島由来のカササギだけではなく,ヨーロッパなどに生息するカササギも含まれると理解されていると思い,“カササギ = Pica Pica” の関係には手を付けませんでした.

一方,日本ではカササギは特定の地域でしか見られない鳥であり,その呼び方がコウライガラスに替わったとしても世の中全体に対する影響は小さく,日本のカササギが朝鮮半島との関係が深いことが良く知られていることなどから,従来別名とされてきた一つの名前を異動させるほうが良いと判断しました.これはあくまで私個人の意見ですが,このあたりの和名の付け替えは毎回非常に悩ましいところです.

さらに,チョウセンウグイスの異動はもっと複雑で厄介です.日本鳥類目録では Cettia diphone を Japanese Bush Warbler ウグイス,C. d. borealis を亜種チョウセンウグイスとしています.一方 IOC では属名を Horornis とし,H. diaphone を Japanese Bush Warbler ウグイスとしているところまでは良いのですが,H. borealis という「種」を Machurian Bush Warbler チョウセンウグイスとしてきました.そして厄介なことに H. diphone canturians という diaphone の「亜種」もありました.

ところが今回 v8.2 では,

New genetic data support original split of Manchurian Bush Warbler, including canturians and borealis from H. diphone (Rasmussen & Anderton 2005, BLI, Kennerley & Pearson, 2010, Alstr"om et al. unpubl). Epithet canturians has priority over borealis as the species epithet.
というコメントが付いて,H. borealis と H. diaphone canturians が合併し,H. canturians という「種」が誕生したのです.英名はそのまま Machurian Bush Warbler です.そして borealis はどこへ行ったかというと,H. canturians borealis という亜種になってしまいました.この種に対応する和名は当然チョウセンウグイスしかありません.しかし,日本鳥類目録とは属名も種小名も異なる名前になってしまったので,しばらく混乱が発生するのではないかと心配しています.このあたりは,Wikipedia の記事を読んでもわかる通り,系統の研究がもう少し進まないと,何とも言えない部分が残ります.今回の改訂も暫定的と考えておいたほうが良いかもしれません.

さらにさらに,数が多すぎるので詳細は書けませんが,サンショウクイの仲間が大量に異動していたり,センニュウムシクイ類も大量に異動しているので,ここでも混乱が発生しそうです.特に属名が変更になるのは混乱の元です.

このような変更には私たちが順化していくしかないのですが,それよりも大きな速度で研究が進み変更が要請されていくので,ついていくのが大変です.学問の進展と社会的受容性の関係のような大げさな話にも発展する話題だと思います.私はかねてより,「分類」とは便宜であり,進化の過程で獲得された適応認識行動だという説を唱えているのですが,その考え方に沿うと,人類という集団の中には多様な便宜の尺度があり,適応速度にも差異があると言えるのではないかと思います.


IOC 本家の Master List を編集して,Refsort/Ruby 用の辞書ファイルを作りましたので,このブログサイトと,Microsoft One Drive 上に設けた “IOC List Archive„ にアップロードしました.

今回もこの辞書ファイルの正式なエンコーディングは UTF-8 です.従って,Linux 上で使う分には問題は生じませんが,Windows 上で使う際には,入力ファイルは UTF-8 でエンコードされ(辞書ファイルと入力ファイルのエンコーディングを揃える),かつ最初の行に

#!E -*- coding: UTF-8 -*-

というおまじないを書いておかないとエンコーディングの解釈がうまくいきませんのでご注意ください.

しかし,Windows 上でのデフォルトのエンコーディングである US-ASCIIWindows-31J でも手間なく使えるように,エンコーディング指定なしの汎用 US-ASCII 版もアップしておきます.これはどのようなプラットフォームであっても,そのプラットフォームのデフォルトの Locale が無条件で US-ASCII を解釈できることを利用したものです.ただし,欧文のアクセントウムラウトを含む文字は,それらを含まない最も近い文字に置き換えられています.正版はあくまで UTF-8 なので,特に人名を含む種や,種の Authority を見るときにはご注意ください.


このオリジナル英語版の辞書ファイルに続いて,和名追加版2種と,IOC Master List の Excel ファイルに和名を追加したものも同時にリリースしました.和名追加版の辞書ファイルについても,UTF-8 でエンコードしてあるものが正版ですが,Windows などでの使い勝手を考慮して Windows-31J でエンコードしたものも同時にアップしてあります.ただし人名や地名のアクセントやウムラウトなどは,それらを含まない最も近い文字に置き換えてありますのでご注意ください.

和名追加版の辞書ファイルのうち,UTF-8 でエンコードしてある ioclist_v82ju.ref は,Linux などで UTF-8 でエンコードした入力ファイルをソートするときに使うことを想定しています.Linux 上で使う際には,入力ファイルの最初の行に上記のようなエンコーディング指定を書く必要はありませんが,Windows 上で使う場合には,入力ファイルは UTF-8 でエンコードされ(辞書ファイルと入力ファイルのエンコーディングを揃える),かつ入力ファイルの最初の行に

#!E -*- coding: UTF-8 -*-

というエンコーディングを指定しておく必要があります.

逆に,Windows 上で Shift-JIS や Windows-31J でエンコードされた入力ファイルを,Windows-31J でエンコードされた辞書ファイル ioclist_v82jw.ref を用いてソートする際には,入力ファイルの冒頭にエンコーディングの指定は必要ありませんが,この辞書ファイルを Linux 上で使う場合には,入力ファイルは Windows-31J でエンコードされ(辞書ファイルと入力ファイルのエンコーディングを揃える),かつ入力ファイルの冒頭に

#!E -*- coding: Windows-31J -*-

とエンコーディングを指定しておく必要があります.要するに,どのような場合でも辞書ファイルと入力ファイルのエンコーディングを揃え,かつそれぞれの入力ファイルのエンコーディング指定を冒頭に書いておくのが無難です.

これらのファイルをダウンロードするには,従来通りこのブログの右側のコラムで “自作ソフト„ の中から個々のファイルをクリックしても良いのですが,前述のとおり,Microsoft One Drive 上に設けた IOC List 専用のフォルダからもダウンロードできます.それには,このブログ右側のコラムの最上段の “Archive„ の中の “IOC List Archive„ をクリックしてください.そうすると One Drive のフォルダに入ることができますので,あとは適当に選んでダウンロードしてください.今後は One Drive のみに集約していく予定です.


I am pleased to announce that I have posted reference files for Refsort/Ruby compiled directly from the latest IOC World Bird List v8.2. It contains 10,711 extant species, 158 extinct species and 20,055 subspecies, respectively. Please try it out, and enjoy its capability and speed.

Note that the reference file "ioclist_v82u.ref" is encoded in UTF-8 in order to retain all European accents and umlauts with complete fidelity as they are in the IOC Master List. Therefore, your input file should be encoded in UTF-8 as well, and should contain a magic comment on the top of the file such as;

#!E -*- coding: UTF-8 -*-

For those who want to use Refsort/Ruby in universal ASCII environments, I have posted another reference file "ioclist_v82a.ref" encoded in pure US-ASCII. Note that characters with accents and umlauts have been simplified to their nearest neighbors. So please be careful in particular when you refer to authorities of species.

I have also posted two reference files “ioclist_v82ju.ref” and “ioclist_v82jw.ref” (encoded in UTF-8 and Windows-31J, respectively) which include Japanese names. If you want to refer to Japanese names, please see those files. In order to sort a list properly using these reference files, you need to align the encoding of the input file to that of the reference file, and you should add a magic comment specifying the encoding of the input file in the first line of the file, such as UTF-8, US-ASCII or Windows-31J.

A master list in an Excel format containing a column of Japanese names has been posted as well. This would be more convenient.

You can download an appropriate file by clicking a link listed on the right column of this page, but you can also access files and folders built in my area of Microsoft One Drive by clicking “IOC List Archive„.

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2018/06/19

遊水池

我が家が位置する台地の真下にある谷戸の続きはいわゆる谷津田だったのですが,このところ休耕田や耕作放棄地になっており,いったいどうなることかと思っていたら,2年ほど前から谷戸を遊水池に転換する工事が始まり,1年ほど前から遊水池として運用されるようになりました.遊水池をさらに拡張する計画もあるようですが,今では近所の人たちの格好の散歩コースとなっており,家人と私も時折訪れる場所になっています.

Earlysummeraroundhome_jun2018_0010m

今朝は,水面にアオサギダイサギ,さらにカルガモが見られましたが,付近ではツバメの巣立ち雛やカワセミオオヨシキリ,家族連れのモズなども見られ,なかなかにぎやかです.このような場所が自宅から歩いて数分のところに作られるのは大変結構.

しかし以前に比べると,昆虫も鳥も数が大幅に減っており,私たちはネオニコチノイド系農薬の影響ではないかと話しているところです.EUでは禁止が決まったようですが,日本では輸入商社と使用者に気を遣ってか,禁止の機運は盛り上がっていません.しかし,水田地帯でトンボの数が激減しているなど,まさに沈黙の春が到来している現状は,もっと喧伝されてしかるべきだと思います.

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2018/06/13

アジサイ再び

台風が日本の南海上を通過して梅雨前線の活動が活発になり,ここ二日ほどは涼しく湿ったお天気だったのですが,今日はお昼ごろからようやく日差しが戻り,たっぷりと日射が届くとともに気温も上がってきました.

ふと気が付くと日が傾きだしているので,慌てて庭のアジサイの写真に再チャレンジ.青空が広がっているので日陰の色温度は大変高く,ホワイトバランスを “日陰” にして試し撮りしてみたのですが,青い花がピンクになってしまってあまり調子が良くありません. “太陽光” で撮ったものが実物の印象に近いのですが, “オート” で撮ったものとほとんど同じなので,結局はカメラに任せてしまいました.この辺りは,対象によって,そしてまた日によって異なってくるので,試し撮りは重要だと思います.

Earlysummerhome_jun2018_0048m

アジサイ自身はすでに盛りを過ぎて花弁の痛みが目立つようになってきましたが,まだ何とか持ちこたえている段階.あと数日もするとシミや穴や傷が目立つようになってくるので,これが最後のチャンスです.

Earlysummerhome_jun2018_0055m

私がこだわっている花弁のテクスチャは何とか表現できたのではないかと思いますが,陰影や立体感はどうもいまいち.光をもっとうまく演出しなければならないのでしょうが,私の実力をはるかに超えるので,この辺りで妥協しようと思います.

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2018/06/05

アカンサスの花穂伸びる

これも例年紹介しているアカンサスの花.例えば昨年の記事はこちら.今年も花穂がシューッと伸びてきて,花をつけ始めました.この花が咲き始めるとさわやかな初夏はそろそろ終わり,蒸し暑くなって本格的な暑さの季節がやってきます.

Earlysummerhome_jun2018_0024m

最初は一株だけだったこの植物,今では数株に増えて庭のあちこちで背の高い花穂を伸ばしています.

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2018/06/04

梅雨入り前の好天

日本の南海上にはすでに梅雨前線が形成されて北上の機会をうかがっているので,もう間もなく関東地方も梅雨入りするのではないかと思いますが,ここ数日ほどは好天が続いています.湿度も低く,非常のさわやか.この貴重な好天は大いに楽しむべきでしょう.

Earlysummerhome_jun2018_0039m

我が家の庭ではアジサイが満開に近づいてきました.わたしは例年,このホンアジサイではないガクアジサイの花の写真を撮ることにしていたのですが,昨年くらいからガクアジサイの元気がなくなり,今年も花の付きが良くありません.周囲の植物が育ってきたので,日照や養分が足りていないのかもしれません.

アジサイは雨に似合う花ではありますが,好天の下でも十分に楽しめる大ぶりの花です.しかし直射日光が当たっているときに写真を撮ると,コントラストが強すぎて花弁表面の微妙なテクスチャが失われてしまいます.アジサイの花弁は,このテクスチャにこそ特有の色気があるので,これを失いたくありません.

今回の写真は完全な日陰にあるものを撮ったので,この場合もテクスチャの表現がいまいちです.色温度の設定にも不満が残ります.理想的には薄曇りくらいの光が良いと思いますが,レフ板を使ったり,ディフューザ付きのストロボ光を使うのも良いと思います.ただしその分手間はかかるので,手軽なスナップというわけにはいきません.

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